La période à la tête du Ministère des situations d’urgence
En janvier 2007, sur décision présidentielle, Viktor Khrapounov fut nommé Ministre des situations d’urgence (chargé de la gestion des catastrophes naturelles et accidentelles), un portefeuille de moindre importance dans lequel l’ancien maire d’Almaty, qui avait déjà occupé des fonctions ministérielles beaucoup plus prestigieuses, n’avait pas grand-chose à prouver. A son habitude, il prit néanmoins sa tâche à cœur et mit une nouvelle fois au service de son pays son expérience dans la gestion des crises.
En six mois, entouré de spécialistes kazakhes et internationaux (notamment russes, biélorusses et azéris), Viktor Khrapounov mit au point un nouveau système national de prévention et de gestion des crises et des situations d’urgence. Son projet fut approuvé par le gouvernement, mais le président refusa de lui accorder le statut de planification nationale.
Durant les quelques mois où il se trouva à la tête de ce ministère, Viktor Khrapounov dut affronter plusieurs crises majeures : au printemps 2007, il dirigea en personne les opérations visant à maîtriser la montée des eaux consécutive au dégel de la rivière Syr-Daria ; à l’été (15 juillet 2007), il géra les conséquences politiques du déraillement, sur territoire ukrainien, d’un train kazakh transportant du phosphore jaune qui a pris feu et s’est consumé très lentement ; à l’été toujours (6 septembre 2007), il supervisa les travaux visant à la décontamination d’un large périmètre dans la région de Karaganda suite au lancement raté d’une fusée « Proton » transportant un satellite japonais.
Le 29 octobre 2007, Viktor Khrapounov remit au président de la République sa lettre de démission. Le 1er novembre 2007, après un entretien avec ce dernier, il fut officiellement libéré de ses fonctions ministérielles.