Период работы во главе Министерства по чрезвычайным ситуациям.

В январе 2007 г. Указом президента Виктор Храпунов был назначен на должность Министра по чрезвычайным ситуациям, в работу которого входила ликвидация последствий природных и техногенных катастроф. Этот министерский пост был менее значительным для бывшего мэра Алматы, который до этого уже занимал гораздо более престижные министерские посты, – и представлял собой весьма ограниченное поле для его деятельности. Но он приступил к работе так, как привык это делать – приняв проблемы близко к сердцу, и вновь использовал свой опыт в урегулировании последствий кризисных ситуаций на службе у своей страны.

За шесть месяцев работы, опираясь на опыт казахстанских и международных специалистов (в частности, русских, белорусских и азербайджанских), Виктор Храпунов разработал новую программу развития системы по предотвращению и ликвидации чрезвычайных ситуаций в Казахстане. Его проект был утвержден правительством, однако президент отказался присвоить этой программе статус государственной.

В течение нескольких месяцев работы во главе этого министерства Виктору Храпунову пришлось столкнуться с целым рядом крупных катастроф: так, весной 2007 г. он лично руководил операциями по предотвращению весеннего паводка на Сыр-Дарье; 15 июля 2007 г. ему пришлось регулировать политические последствия железнодорожной катастрофы, произошедшей на территории Украины, когда сошел с рельсов и загорелся товарный состав из Казахстана с грузом желтого фосфора; 6 сентября 2007 г. он возглавил работы по дезактивации большой территории в Карагандинской области вследствие неудачного запуска ракеты-носителя Протон с японским спутником на борту.

29 октября 2007 года Виктор Храпунов подал президенту Республики Казахстан заявление об отставке. 1-го ноября 2007 г., после личной беседы с ним, он был официально освобожден от должности министра.